新疆醫科大學第五臨床醫學院是一所集醫療、教學、科研、預防、康復為一體的綜合型三級甲等醫院。自2004年轉制以來，教學條件不斷改善，教學質量穩步提升，從轉制之初的大專層次逐步提升到本科和研究生教育。隨著新疆醫科大學對各臨床醫學院運行管理機制的改革，2017年9月，第五臨床醫學院承接了原新疆醫科大學臨床醫學院學生管理和臨床教學工作。學院秉承“好學、力行、篤醫、創新”的校訓和優良的傳統和學風，堅持把立德樹人作為中心環節，不斷提高學生思想水平、政治覺悟、道德品質、文化素養，使學生成為德才兼備、全面發展的人才。

學院下設教研室八個：內科教研室、外科教研室、婦產科教研室、兒科教研室、診斷教研室（含實驗診斷組）、影像教研室、護理教研室、中西醫結合教研室（含藥理組）。各教研室均由臨床科主任兼職教研室主任、并配教研室秘書各一名。學院配備了主管學生工作專職副書記1人，主管教學科研工作副院長1名。下設教學科研辦公室和學生工作辦公室。